Роден в семейство с еврейски произход, (Лидски) емигрирало в САЩ в края на 19 в. Джонатан Лител е син на писателя Робърт Лител. Детството му преминава във Франция, която напуска чак когато става време да влезе в Йейлския университе. Завършил е престижната гимназия „Фенлон“ през 1985 г. Въпреки че семейството му не е имало съдбата на евреите от Европа, Джонатан Лител е отраснал с тази история, която се превръща в централна тема на първата му творба. Детските му години са белязани от войната във Виетнам. След тригодишен престой в „Йейл“ заминава за Балканите – по онова време – арена на конфликти. След завършване на образованието си в Йейл, се включва в редовете на хуманитарната асоциация „Действие“ срещу глада и в продължение на седем години обикаля редица страни във война като Босна и Херцеговина, Чечня, Афганистан, Конго, но ходи и в Москва. През 2001 г. напуска асоциацията, за да се отдаде на писателството.

Двайсет и две годишен, публикува първия си научно-фантастичен разказ на английски език ("Bad Voltage"). След излизането на „Доброжелателните“ – бестселър, преведен в цял свят – издава сборник с новели, написани от 1995 до 2002 г. Следва есе, посветено на белгийския фашист Леон Дегрел („Сухото и влажното“).

Получава френско поданство през март 2007 г. Понастоящем живее в Барселона със съпругата си белгийка и двете си дъщери.