Стоян Малешков е доктор по автоматизирано проектиране на системи за управление. От 2000 г. е доцент в НБУ, а от 2014 г. е професор в ТУ, София. От 2008 г. е ръководител на Лаборатория по виртуална реалност в ТУ, София.