Христо Матанов е роден на 5 юли 1952 г. в гр. Харманли. Завършва 114-та гимназия с преподаване на английски език в София (1971). През 1978 г. завършва Исторически факултет на СУ „Св. Климент Охридски“, профил История на Византия и на балканските народи. Специализира в университета „Аристотел“ в Солун, Гърция (1981, 1984, 1987), в „Dumbarton Oaks Centre for Byzantine Studies“, Вашингтон, САЩ (1987-1988) и в Кьолнския университет, Германия (1991-1992).

Редовен аспирант в Института за балканистика в БАН (1980-82). През 1983 г. защитава дисертационен труд на тема: „Проблеми на политическото развитие на Югозападните балкански земи през 14 в.“. Научен сътрудник в Института за балканистика в БАН, хоноруван преподавател в Исторически факултет на СУ „Св. Климент Охридски“ (1983-1987), преподавател по Средновековна история в Националната гимназия за древни езици и култури (1985-1987).

Научен сътрудник в Центъра за славяно-византийски проучвания „Академик Иван Дуйчев“ (1987-89), заместник директор на центъра (1989-1993).

Директор на Дирекция по вероизповеданията към Министерски съвет (април 1993 – октомври 1996).

От 1993 г. е редовен доцент, от 1999 г. – редовен професор, а от 2004 г. е ръководител на катедра в СУ „Св.Климент Охридски“, Исторически факултет, катедра „Византия и балканските народи“. Автор е на 14 книги и на над 80 учебници, статии, публикувани в България и чужбина.