Исак Самоковлия е роден през 1889 година в Горажде, град, разположен на река Дрина в Босна. Потеклото на неговия род е от Самоков. Около 1860 г. двамата братя Барух, дребни търговци, напускат България и се установяват в босненското градче Травник. Според легендата те толкова често разказвали за живота си в Самоков, че местните хора ги прекръстили на Самоковлиите.
Исак Самоковлия завършва гимназия в Сараево, където по това време учи и бъдещият нобелов лауреат Иво Андрич, който по-късно ще каже за него: „...сефардската общност в Босна и Херцеговина е дала на нашата литература един забележителен писател...“