Евгений Николаев започва бойния си път през есента на 1941 г. в състава на 21-ва дивизия на НКВД на Ленинградския фронт. Но стрелковите му умения не остават незабелязани и бързо се преквалифицира в един от най-успешните снайперисти на този фронт. Още през първите два месеца унищожава 43 вражески войници и офицери, за което е награден с лична снайперска винтов­ка от командването на Ленинградския фронт.

През декември 1942 г. след няколко тежки ранявания Николаев е прехвърлен във военното контраразузнаване СМЕРШ и така стига до Берлин. Награден е с най-високите съветски бойни ордени.