Ана Стойкова е доктор на филологическите науки, доцент в Института за литература при БАН, изследовател на средновековните славянски литератури. Научните ѝ интереси са в областта на кирилометодиевистиката, агиографията и агиологията, текстологията, компютърната обработка на средновековни славянски ръкописи. Главен редактор е на сп. „Старобългарска литература“ и е автор на книгите „Физиологът в южнославянските литератури“ (1994), „Първоучителят Методий“ (1995), „Славянският Физиолог: Византийска редакция. Електронно издание на текста и сравнително изследване“ (2011), както и на десетки студии и статии.