Франсис Фукуяма е старши научен сътрудник в Института за международни изследвания „Фрийман Спогли“ към Станфордския университет. Преподавал е във Висшето училище по международни отношения „П. Х. Нитце“ на университета „Джонс Хопкинс“, както и в школата по публична политика към университета „Джордж Мейсън“. Фукуяма е бил в екипа на изследователския център „РАНД Корпорейшън“ и е бил член на екипа по планиране на политиката към Държавния департамент на САЩ.

Живее в щата Калифорния със своята съпруга.